Este es un problema que se ve que es bastante común en WOO COMMERCE. De hecho encontré mucha gente que hablaban de este problema y muchas soluciones, desde peticiones MySQL para actualizar la base de datos borrando variaciones, etc...
Yo propongo una que le gustara a la mayoría de gente por su sencillez, sin arriesgarse a peticiones " a mano" a la base de datos ( aunque siempre se recomienda copia de seguridad, porque al fin y al cabo aunque sea por interfaz web el resultado es el mismo: una petición a la base de datos que comprobará que variaciones estan "huerfanas" (padre borrado) y las borrará, que es lo que pretendemos.
Seccion Wocommerce > Estado de sistema
En esta página arriba hay varios tabuladores, como se muestra en la captura:
escogemos el de herramientas, y allí buscamos la opción:
Delete Orphans (borrar huérfanos)
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